É possível analisar o tamanho dos objetos do banco de dados através do catalogo do Innodb, mas para que essas informações sejam precisas, as estatisticas devem estar atualizadas!

Veja como atualizar as estatisticas no post:

http://mathiasbrem.com.br/update-statistics-mysql-innodb/

http://mathiasbrem.com.br/rotina-analyze-automatizada-via-schedule-mysql/

A consulta a seguir ajuda a avaliar o tamanho dos objetos do banco de dados:

select
INNODB_SYS_TABLESTATS.NAME,
INNODB_SYS_TABLESTATS.NUM_ROWS,
concat(round(((INNODB_SYS_TABLESTATS.CLUST_INDEX_SIZE+OTHER_INDEX_SIZE) * round(INNODB_SYS_TABLESPACES.PAGE_SIZE/1024,0)) / 1024 / 1024, 2),'G') AS TOTAL_SIZE, …