Seit Version 5.5.x unterstützen MySQL und davon geforkte Projekte wie MariaDB die GNU autotools nicht mehr, sondern verwenden statt dessen cmake. Persönlich halte ich das für einen Wechsel von Pest zu Colera, aber ändern kann ich es leider nicht. Hier eine 5-Minuten-Einführung, wie ich meine MySQL-Pakete mit cmake baue.