La herramienta típica para hacer Benchmark de MySQL es sysbench http://sysbench.sourceforge.net/

Se hace en dos pasos:

• Preparar la tabla sobre la que se hará el testeo:

sysbench --test=oltp --db-driver=mysql --mysql-db=test --mysql-user=root --mysql-password=xxxxx
 --mysql-table-engine=innodb --oltp-table-size=1000000 prepare

Donde se indica que el driver será mysql, la base de datos test y el engine innodb con un tamaño de 1000000. La tabla tendrá el siguiente formato:

CREATE TABLE sbtest (id int(10) unsigned NOT NULL auto_increment, 
k int(10) unsigned NOT NULL default '0', c char(120) NOT NULL default '', 
pad char(60) NOT NULL default '', PRIMARY KEY  (id), KEY k (k));

• Una vez preparada, lanzamos el benchmark: …